มะเขือเทศ มีประโยชน์ต่อร่างกายหลายอย่าง แต่ถ้าบริโภคผิดวิธีก็มีโทษถึงขั้นเสียชีวิตได้
มะเขือเทศนั้น มีสรรพคุณทางยาค่อนข้างสูง เพราะมะเขือเทศมีสารที่สามารถยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อรา ดังนั้นจึงใช้เป็นยารักษาโรคที่เกี่ยวกับปากที่เกิดจากเชื้อราได้ มะเขือเทศมีสารแอนตี้ออกซิแดนท์ คือ ไลโคปีน ที่มีคุณสมบัติสามารถลดการเกิดมะเร็งลำไส้ และมะเร็งต่อมลูกหมาก นอกจากนี้มะเขือเทศยังมีเบตา-แคโรทีน และฟอสฟอรัสมาก และพี (citrin) ซึ่งจะช่วยป้องกันการแข็งตัวของหลอดเลือด มะเขือเทศยังมีฤทธิ์ขับปัสสาวะจึงสามารถแก้อาการความดันโลหิตสูง มะเขือเทศมีวิตามินเอจึงสามารถรักษาโรคตาได้ ที่สำคัญอีกอย่างหนึ่งคือมีวิตามินซีมากทำให้สามารถป้องกันและรักษาโรคลักปิดลักเปิด ช่วยระบบการย่อยและช่วยการขับถ่ายอุจจาระอีกด้วยช่วยบำรุงผิวลดริ้วรอย ผิวพรรณไม่แห้งกร้าน ระบบการหมุนเวียนเลือดดีขึ้น และยังสามารถต้านมะเร็งได้ ด้วย ซอสมะเขือเทศสามารถนำมาใช้หมักผมได้ โดยจะช่วยป้องกันการเปลี่ยนไปของสีผมอันเนื่องมาจากการว่ายในน้ำในสระที่มีคลอรีน และยังนำมาใช้ขัดเครื่องประดับเงินให้เงางามได้เหมือนเดิม แต่อย่างไรก็ตาม ก็ยังมีผลเสียอยู่ดี โดยเฉพาะมะเขือเทศที่เป็นผลสีเขียวนั้น ก็มีสารโซลานินอยู่มาก ซึ่งจะทำให้เกิดระบบทางเดินอาหารระคายเคือง คลื่นไส้ และหายใจลำบาก มีพิษหลายอย่างที่อันตรายทั้งต่อเด็กและผู้ใหญ่ อีกทั้งโซลานินยังสามารถทำให้ระบบประสาทส่วนกลางเป็นอัมพาต ปวดท้อง และเสียชีวิตได้ ความปลอดภัยในการบริโภคมะเขือเทศ ปริมาณมะเขือเทศที่รับประทานจากอาหารในชีวิตประจำวันมักไม่เป็นอันตรายต่อทั้งเด็กและผู้ใหญ่ ผู้ที่ต้องการรับประทานมะเขือเทศ เพื่อวัตถุประสงค์ในการรักษาโรคควรรับประทานในปริมาณและระยะเวลาที่เหมาะสม รวมถึงระมัดระวังในกรณีต่อไปนี้ การรับประทานมะเขือเทศที่เป็นส่วนประกอบในอาหารหรือรับประทานสดค่อนข้างมีความปลอดภัย สำหรับมะเขือเทศในรูปสารสกัดไม่ควรรับประทานติดต่อกันนานเกิน 8 สัปดาห์ โดยไม่ได้ปรึกษาแพทย์ การรับประทานใบมะเขือเทศในปริมาณมากอาจเป็นพิษ ทำให้ผู้ที่รับประทานเกิดผลข้างเคียง เช่น ระคายเคืองลำคอและช่องปากอย่างรุนแรง อาเจียน เวียนศีรษะ ปวดศีรษะ กล้ามเนื้อหดเกร็ง หรือเป็นอันตรายถึงเสียชีวิตในบางราย