จุดเริ่มต้นของตระกูลบุนนาคแท้จริงคือเชื้อสายมุสลิม

เจ้าพระยาบวรราชนายก (เฉกอะหมัด) เป็นมุสลิมชีอะหฺอิษนาอะชะรียะหฺ

ตระกูลบุนนาค แต่ก่อนมามิได้สืบเชื้อสายมาจากราชนิกูลแต่อย่างใด เป็นเพียงคนธรรมสามัญ ซึ่งเคยยิ่งใหญ่ที่สุดในสยามประเทศ ครั้นรัชกาลที่ 5 ความยิ่งใหญ่ก็ลดลง ยิ่งพอหลังการเปลี่ยนเเปลงแล้ว บทบาทของคนในตระกลูนี้จึงน้อยลง

       รอยต่อก่อนเป็นสายสกุลบุนนาค ชาวมุสลิมชีอะหฺอิษนาอะชะรียะ หรือแขกเปอร์เซียชื่อซีค อะหมัดหรือเฉกอะหมัดลงเรือสำเภาจากเมืองกุม อิหร่านเข้ามาเป็นพ่อค้าในกรุงศรีอยุธยาตั้งเเต่สมัยพระเอกาทศรถ น้องสมเด็จพระนเศวร ต่อมามั้งคั่งร่ำรวยขึ้นเเละคุ้นเคยกับเจ้านายขุนนางมากหน้าหลายตาจนได้เป็นผู้นำมุสลิม ในสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรมได้ช่วยทางราชการปราบขบถถือว่ามีความดีความชอบ จึงได้เป็นเจ้าพระยาบวรรชาชนา ยกเทียบเท่าเสนาบดี   จึงกล่าวได้ว่าเฉกอะหมัดผู้นี้เป็นปฐมบรรพบุรุษของสกุลบุนนาคก็ได้ ครั้นเมื่อเสียชีวิตศพได้ฝังไว้ที่อยุธยา ณ ป่าช้าแขกตามธรรมเนียมมุสลิม ผู้สืบสกุลบุนนาคยังได้ไปชุมนุมระลึกถึงทุกปี

เป็นที่น่าสงสัยว่าต้นตระกูลเป็นมุสลิม (ชีอะห์) แต่ทำไมในปัจจุบันคนที่ใช้นามสกุลบุนนาคส่วนใหญ่ถึงนับถือศาสนาพุทธได้ ข้อสงสัยนี้มีคำตอบในพระราชพงศาวดารกรุงศรีอยุธยา

มีความตอนหนึ่งว่า “ณ เดือนแปดแรมสิบค่ำ พระเจ้าอยู่หัวทรงพระประชวรหนัก จนสะอึกสามชั้น ต่อกลางคืนตีสิบเอ็ดจึงคลาย ครั้นเดือนสิบสองขึ้น เสด็จพระราชดำเนินขึ้นไปสมโพธน์พระพุทธบาท เป็นกระบวนรับเสด็จพัก ณ พระตำหนักท่าเจ้าสนุก แล้วทรงพระวอขึ้นไปประทับร้อนบ่อโศก เพลาเย็นเสด็จไปถึงท้ายพิกุล ครั้นสมโพธน์พระพุทธบาทครบเจ็ดวันแล้ว เสด็จพระราชดำเนินกลับยังกรุงเทพพระนครศรีอยุธยา”

ในการเสด็จพระราชดำเนินนมัสการพระพุทธบาทครั้งนั้น ข้าทูลละอองธุลีพระบาททุกคนคงยินดีที่พระเจ้าอยู่หัวหายประชวร ต่างคนก็ต่างอยากตามเสด็จ แต่  พระยาเพ็ชร์พิไชย (ใจ)  (ซึ่งภายหลังเป็นปู่ของผู้ใช้สกุลบุนนาคคนแรกนั่นคือ เจ้าพระยาอรรคมหาเสนาหรือชื่อเดิม นายบุนนาค) ไม่มีชื่ออยู่ในจำนวนที่โปรดให้ตามเสด็จในกระบวน พระยาเพ็ชร์พิไชยจึงกราบบังคมทูลพระกรุณาขอพระราชทานตามเสด็จด้วย พระเจ้าอยู่หัวมีพระราชดำรัสว่าพระยาเพ็ชร์พิไชยเป็นแขก ไม่ควรไปนมัสการพระพุทธบาท แต่ถ้าทิ้งเพศแขกมาเข้ารีดไทย จึงจะให้ตามเสด็จ พระยาเพ็ชร์พิไชยกราบบังคมทูลว่า เต็มใจที่จะเป็นไทยตามพระบรมราชประสงค์ จึงทรงพระกรุณาพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้พระยาเพ็ชร์พิไชยตามเสด็จไปด้วย ครั้นเสด็จถึงพระพุทธบาทแล้ว พระยาเพ็ชร์พิไชยได้รับศีล ปฏิญาณ เป็นพุทธศาสนิกชนต่อสมเด็จพระสังฆราช หน้าที่นั่งสมเด็จพระเจ้าแผ่นดิน นี่เป็นต้นเหตุให้วงศ์เฉกอะหมัดละศาสนาเดิมมาถือพุทธศาสนา และเมื่อเสด็จกลับพระนครแล้ว พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศโปรดเกล้าฯ เลื่อนบรรดาศักดิ์พระยาเพ็ชรพิไชย (ใจ) ขึ้นเป็นเจ้าพระยาเพ็ชรพิไชย และให้ว่าราชการที่สมุหนายกด้วยลูกหลานของท่านเฉกอะหมัดนับถือศาสนาอิสลามมาจนถึง พระยาเพ็ชรพิไชย (ใจ) ถือเป็นตระกูลเฉกอะหมัดชั้นที่ ๔ ท่านเปลี่ยนมานับถือศาสนาพุทธ และท่านให้ลูกชายท่าน ๒ คน คือ เสน กับ หนู เปลี่ยนมาเป็นพุทธ ส่วนคนโตคือ เชน ให้นับถืออิสลามต่อไปซึ่ง “เชน” บุตรพระยาเพ็ชรพิไชย (ใจ) ต่อมาภายหลังได้รับการแต่งตั้งให้เป็นพระยาจุฬาราชมนตรี คนที่ ๔ แห่งอยุธยา และบุตรของท่านชื่อ “ก้อนแก้ว” ต่อมาภายหลังได้รับการแต่งตั้งให้เป็นพระยาจุฬาราชมนตรี คนแรกในสมัยรัตนโกสินทร์ ในรัชกาลที่ ๑

จุดเริ่มต้นการใช้สายสกุลบุนนาค ผู้สืบเชื้อสายท่านเฉกอะหมัดในชั้นที่ ๖ นั้นมีท่านหนึ่งที่ถือเป็นต้นสกุลบุนนาค คือ “นายบุนนาค” เป็นบุตรเจ้าพระยามหาเสนา (เสน) เมื่อตอนเด็ก ๆ นั้นนายบุนนาคเคยเป็นเพื่อนสนิทกับ นายสินบุตรจีนแต้ไหฮอง (ซึ่งต่อมาได้ขึ้นขึ้นครองราชเป็นสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช แห่งกรุงธนบุรี) ส่วนเพื่อนอีกคนคือนายทองด้วง บุตรหลวงพินิจอักษร (ซึ่งต่อมาได้ขึ้นครองราชย์เป็นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกฯ รัชกาลที่ ๑ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์) เมื่อเข้าสู่ยุครัตนโกสินทร์เป็นราชธานี พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงปราบดาภิเษกแล้วได้ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าโปรดกระหม่อม แต่งตั้งผู้ที่เคยทำความดีความชอบให้ดำรงตำแหน่งสำคัญ นายบุนนาค หลานพระยาเพ็ชรพิไชย (ใจ) ก็ได้ขึ้นเป็นเจ้าพระยาอรรคมหาเสนาบดีที่สมุหพระกลาโหม และ นายก้อนแก้ว หลานพระยาเพ็ชรพิไชย (ใจ) ก็ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นพระยาจุฬาราชมนตรี คนแรกในสมัยรัตนโกสินทร์ ในรัชกาลที่ ๑

          เจ้าพระยาอรรคมหาเสนา (บุนนาค) มีนามเดิมว่า นายบุนนาค เกิดเมื่อ พ.ศ. 2281 เป็นบุตรของเจ้าพระยามหาเสนา (เสน) (บุตรชายของเจ้าพระยาเพ็ชร์พิไชย (ใจ) กับท่านแฉ่ง) กับท่านบุญศรี รับราชการในตำแหน่งทนายหน้าหอ รับใช้พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกขณะดำรงพระอิสริยยศเป็นเจ้าพระยาจักรี ต่อมา จึงได้รับพระราชทานบรรดาศักดิ์เป็น พระยาอุทัยธรรม พระยายมราช เจ้าพระยายมราช และเจ้าพระยาอรรคมหาเสนาที่สมุหพระกลาโหม ตามลำดับ

เจ้าพระยาอรรคมหาเสนา มีภรรยาคนแรกชื่อ คุณลิ้ม ซึ่งได้เสียชีวิตลงในขณะที่ทั้งสองกลับจากการเดินทางไปขนทรัพย์สมบัติที่ซ่อนไว้ก่อนกรุงศรีอยุธยาจะแตก แต่ถูกคนร้ายดักปล้นที่ปากคลองบางหลวง และคุณลิ้มถูกทำร้ายร่างกายจนเสียชีวิต

หลังจากเจ้าพระยาอรรคมหาเสนาตกเป็นพ่อหม้าย ท่านผู้หญิงนาก (ภายหลังได้รับการสถาปนาที่สมเด็จพระอมรินทราบรมราชินี พระอัครมเหสีในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก) ได้ยก คือ คุณนวล (เจ้าคุณพระราชพันธุ์นวล) ให้เป็นภรรยา นอกจากนี้ ท่านยังมีอนุภรรยาอีก 7 ท่าน

เจ้าพระยาอรรคมหาเสนาถึงแก่อสัญกรรมในรัชกาลที่ 1 เมื่อปีฉลู พ.ศ. 2348 อายุได้ 68 ปี