ประเทศที่ มีคนนับถือ อิสลาม มากที่สุดในโลก แต่เดิมเคยนับถือพุทธศาสนามาก่อน
ประชากรของประเทศอินโดนีเซียในปัจจุบันส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม แต่อดีตเคยมีพระพุทธศาสนาแบบมหายานเข้ามาประดิษฐานอยู่ พระพุทธศาสนาได้รุ่งเรืองมาก ประมาณพุทธศตวรรษที่ 12 มีโบราณสถานที่สำคัญ 2 แห่งอยู่ในอินโดนีเซียคือ บรมพุทโธ (โบโรบุดูร์) ตั้งอยู่ที่ราบเกฑุ (kedu) ในภาคกลางของชวา ห่างจากเมืองยอกจาการ์ตา (Jogjagata) ในปัจจุบันทางเหนือประมาณ 40 กิโลเมตร และพระวิหารเมนดุต (Mendut) ซึ่งอยู่ห่างจาก โบโรบุดูร์ไปทางทิศตะออก 3 กิโลเมตร ต่อมาเมื่ออิสลามได้ขยายอำนาจครอบงำอินโดนีเซียในปี พ.ศ. 2012 ชาวอินโดนีเซียส่วนใหญ่จึงเปลี่ยนมานับถือศาสนาอิสลามนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมาขณะที่พระพุทธศาสนาตกอยู่ในภาวะเสื่อมโทรมตลอดระยะเวลาอันยาวนาน และเป็นสาเหตุทีทำให้พระพุทธศาสนาแทบจะหายไปจากอินโดนีเซียในปัจจุบัน
พระพุทธศาสนาเข้ามาสู่ประเทศอินโดนีเซียในพุทธศตวรรษที่ 3 คราวที่พระเจ้าอโศกมหาราช ส่งพระโสณะ และพระอุตตระเดินทางมาเผยแผ่พุทธธรรม ต่อมาในพุทธศตวรรษที่ 12 ได้เกิดรัฐมหาอำนาจทางทะเลชื่อว่า อาณาจักรศรีวิชัย (Srivijaya) ซึ่งมีอิทธิพลตั้งแต่อินโดนีเซีย จนถึงคาบสมุทรมลายู รวมไปถึงทางใต้ของประเทศไทย อาณาจักรศรีวิชัยนี้ ศาสนิกส่วนใหญ่จะเป็นนิกายมหายาน และแพร่หลายมาก และได้พบหลักฐานทางโบราณคดีมากมาย ได้แก่ พระพิมพ์ดินดิบ และพระโพธิสัตว์ เป็นต้น
ราชวงศ์ไศเลนทร์
กลางพุทธศตวรรษที่ 13 บนเกาะชวาทางภาคกลาง ได้เกิดราชวงศ์ที่ยิ่งใหญ่ นามว่า ราชวงศ์ไศเลนทร์ ซึ่งในเวลาต่อมา ราชวงศ์ไศเลนทร์ก็มีอำนาจปกครองอาณาจักรศรีวิชัยในพุทธศตวรรษที่ 15 และได้มีการติดต่อราชวงศ์ปาละ แห่งเบงกอล และได้มีการแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมกัน โดยอาณาจักรศรีวิชัยได้ส่งพระภิกษุไปศึกษาที่มหาวิทยาลัยนาลันทา ซึ่งกษัตริย์แห่งเบงกอลก็ให้การต้อนรับอย่างดี และทางเบงกอลก็ได้ส่งพระภิกษุ และช่างฝีมือดี มาเผยแผ่พุทธศาสนา และสอนศิลปะสมัยปาละ แก่ชาวนครศรีวิชัยด้วย
ยุคมัชฌปาหิต
พระพุทธศาสนาเสื่อมมาก ในสมัยพุทธศตวรรษที่ 19 เมื่ออาณาจักรศรีวิชัยเสื่อมลง และทำให้อาณาจักรมัชปาหิตเข้ามามีอำนาจแทน ซึ่งอาณาจักรนี้เป็นฮินดู แต่ต่อมากษัตริย์มัชปาหิตพระองค์หนึ่ง นามว่า "ระเด่นปาทา" ทรงเกิดความเลื่อใสในศาสนาอิสลาม ทรงยกย่องให้ศาสนาอิสลามเป็นศาสนาประจำชาติ และห้ามเผยแผ่พุทธศาสนา
ยุครัฐสุลต่าน และยุคอาณานิคม
ชาวพุทธในอินโดนีเซียช่วงนี้ ไม่ได้มีบทบาทเด่นๆใดๆเลย และกลายเป็นชนกลุ่มน้อย ภายใต้ชาวมุสลิม ซึ่งเป็นชนกลุ่มใหญ่ และเป็นเช่นนี้เรื่อยๆจนถึงยุคฮอลันดาปกครอง และได้รับเอกราช ชาวอินโดนีเซียพุทธนั้นส่วนใหญ่อยู่ทางตะวันตกของเกาะชวา เกาะบาหลี เกาะบังกา-เกาะเบลิตุง และบางส่วนของเกาะสุมาตรา
ปัจจุบัน
ชาวอินโดนีเซียที่นับถือพระพุทธศาสนานิกายมหายานอยู่นั้นจะมีอยู่บนเกาะชวาได้แก่ ชาวชวา (นับถือพุทธศาสนาร้อยละ 1) และชาวซุนดา และจะมีชาวบาหลีบนเกาะบาหลี ซึ่งบางคนก็นับถือศาสนาพราหมณ์-ฮินดูแบบพื้นเมืองควบคู่กันไป และมีชาวซาซะก์บางคนที่นับถือศาสนาพุทธ และลัทธิวตูตลู ซึ่งเป็นศาสนาอิสลาม ที่รวมกับความเชื่อแบบฮินดู-พุทธ อยู่บ้างบนเกาะลอมบอก รวมไปถึงชาวจีนโพ้นทะเลที่อาศัยบนเกาะชวา ทุกๆปี ศาสนิกชนเหล่านี้จะมาประกอบพิธีในวันวิสาขบูชาที่บุโรพุทโธ ที่เมืองมุนตีลาน ที่อินโดนีเซียนี้ได้จัดตั้งสมคมเพื่อสอนพระพุทธศาสนาแก่เยาวชน มีการบรรยายธรรม ปฏิบัติสมาธิ ออกวารสาร เช่น วารสารวิปัสสนา และวารสารธรรมจารณี ซึ่งการปกครองดูแลศาสนิกชนในอินโดนีเซียจะขึ้นกับพุทธสมาคมในอินโดนีเซีย มีสำนักงานใหญ่ในกรุงจาการ์ตา มีสาขาย่อย 6 แห่ง
ปัจจุบันประเทศอินโดนีเซีนได้เริ่มมีการฟื้นฟูพระพุทธศาสนา โดยการริเริ่มจากพระสงฆ์ชาวศรีลังกา และชาวพื้นเมือง ที่ได้รับการอุปสมบทจากประเทศพม่า และที่ประเทศไทย ในวัดบวรนิเวศวิหาร และวัดเบญจมบพิตร ปัจจุบันศาสนาพุทธนั้นมีศาสนิกอยู่ประมาณ 150,000 คน หรือประมาณร้อยละ 1 ของประชากรชาวอินโดนีเซียทั้งหมด