ผลการวิจัยพบว่า อาหารแปรรูปในปัจจุบันนี้ ส่งผลให้เกิดมะเร็งลำไส้และมะเร็งทวารหนักมากขึ้น
จากงานวิจัยที่ได้ตีพิมพ์ในวารสาร Gut ได้นำเสนอข้อมูลหนึ่งที่น่าตกใจ คือ อัตราการเกิดมะเร็งลำไส้ใหญ่ และทวารหนักในคนที่มีอายุต่ำกว่า 50 ปีกำลังเพิ่มขึ้นในทุกปี โดยนักวิจัยคาดว่าอาจเป็นผลจากไขมันบางชนิดหรือกรดไขมันที่พบมากในอาหารแปรรูป ส่งเสริมให้เกิดการอักเสบเรื้อรังอันนำไปสู่การก่อตัวของเนื้องอกในลำไส้ หรือมะเร็งในที่สุด จากตัวอย่างเนื้องอกมะเร็งลำไส้ใหญ่และทวารหนักจากผู้ป่วย 81 รายของสหรัฐฯ พบพฤติกรรมการบริโภคอาหารที่มีการใช้ไขมันที่กระตุ้นการอักเสบอาทิ กรดไขมันโอเมก้า 6 ที่พบได้มากในน้ำมันพืช อาทิ น้ำมันถั่วเหลือง น้ำมันดอกทานตะวัน และการขาดโอเมก้า 3 ที่ช่วยยับยั้งการอักเสบ การอักเสบเป็นการตอบสนองของภูมิคุ้มกันเพื่อป้องกันตัวจากเชื้อโรคที่เข้ามาในตอนที่เกิดบาดแผล ก่อนที่จะเริ่มกระบวนการสมานแผล โดยในปี 1800 นักวิจัยพบว่าเนื้องอกในลำไส้ส่วนใหญ่เกิดจาก ‘บาดแผลที่หายช้า’ Timothy Yeatman ศาสตราจารย์ด้านศัลยกรรมที่มหาวิทยาลัยเซาท์ฟลอริดากล่าวว่า การอักเสบเรือรังจะทำลายเซลล์และขัดขวางความสามารถในการต่อสู้กับการเติบโตของเซลล์ที่อาจเป็นมะเร็ง อย่างไรก็ตามงานวิจัยหลายฉบับยังไม่สามารถยืนยันได้ว่าอาหารแปรรูปพวกนี้จะเป็นสาเหตุหลักของการอักเสบเรือรังในลำไส้ เนื่องจากมีปัจจัยอื่น ๆ ทางกรรมพันธุ์ วิถีชีวิต การออกกำลังกาย แต่การรับประทานอาหารก็เป็นส่วนหนึ่งในนั้น โดยเฉพาะในการศึกษาเมื่อปี 1950 เป็นต้นมายืนยันว่า ‘คนหนุ่มสาวในปัจจุบัน โดยเฉพาะคนในชนบทและคนยากจน’ ที่สัมผัสอาหารแปรรูปพวกนี้มีอัตราเสี่ยงที่เพิ่มขึ้น