เมื่อวาฬเกยตื้น ที่เจ้าพระยา
ตามหลักฐานประวัติศาสตร์ มีบันทึกไว้ว่า ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น ได้มีปลาวาฬตัวหนึ่งว่ายหลงเข้ามาในแม่น้ำเจ้าพระยาและมาเกยตื้น อยู่ที่ท่าน้ำหน้าพระราชวังเดิม หรือ พระราชวังของพระเจ้ากรุงธนบุรี(ปัจจุบันอยู่ในพื้นที่กองบัญชาการกองทัพเรือ) จากนั้น ได้มีการสร้างศาล เพื่อเอากระดูกวาฬมาประดิษฐาน
ต่อมาในปี พ.ศ.2443 ศาลหลังเดิมได้พังลง และกระดูกวาฬก็สูญหายไป จนเมื่อมีการการสำรวจก่อนซ่อมแซมบูรณะศาล สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช จึงได้พบซากฐานของศาลศีรษะวาฬหลังเดิม ทางมูลนิธิอนุรักษ์โบราณสถานในพระราชวังเดิม กองทัพเรือ จึงได้ทำการหารือกับกรมศิลปากร และเห็นชอบให้ศร้างศาลใหม่ขึ้นบนฐานของศาลหลังเดิมที่มีการขุดพบ เพื่อใช้จัดแสดงกระดูกวาฬ ที่พบอยู่ใต้ถุนศาลสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ในคราวสำรวจพื้นที่ทางโบราณคดี ช่วงการบูรณะครั้งล่าสุด
กระดูกวาฬที่จัดแสดงในศาลนั้น เป็นส่วนหัวกระโหลกและขากรรไกรทั้งสองข้าง โดยจากการตรวจสอบของอาจารย์ คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พบว่าเป็นของวาฬบรูด้า ซึ่งในสมัยก่อน พบได้บริเวณนอกฝั่งทั้งอ่าวไทยและอันดามัน และในแถบประเทศเขตร้อนทุกประเทศ